收藏本站
《计算机科学》 2012年07期
收藏 | 投稿 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

融合人工鱼群机理的PPI网络聚类模型与算法

吴爽  雷秀娟  
【摘要】:预测蛋白质交互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)网络中未知蛋白质的功能,是生物信息学的一个研究热点。目前基于功能流的方法能有效地解决PPI网络的聚类问题,但是其正确率偏低、时间复杂度较高。为此提出了一种融合人工鱼群机理的PPI网络聚类模型与算法:将人工鱼看作一组聚类中心,觅食行为是指从每个聚类中心开始向它的邻接结点搜索并添加结点到该聚类模块中;接下来将目标函数值最大的人工鱼对应的一组聚类模块看作初始的聚类结果,对应鱼群的追尾行为;剩下的人工鱼开始执行聚群行为,判断对应的聚类模块与初始的聚类结果之间的相似度。如果相似度低于给定的阈值,则将聚类模块添加到初始的聚类结果中。PPI数据集上的仿真实验表明,该算法可以自动确定聚类数目,而且聚类结果的正确率和算法的运行效率都优于功能流算法。

【参考文献】
中国期刊全文数据库 前5条
1 刘白;周永权;;一种基于人工鱼群的混合聚类算法[J];计算机工程与应用;2008年18期
2 曲良东;何登旭;;一种混沌人工鱼群优化算法[J];计算机工程与应用;2010年22期
3 张树波;赖剑煌;;蛋白质亚细胞定位预测的机器学习方法[J];计算机科学;2009年04期
4 李晓磊,路飞,田国会,钱积新;组合优化问题的人工鱼群算法应用[J];山东大学学报(工学版);2004年05期
5 李晓磊,邵之江,钱积新;一种基于动物自治体的寻优模式:鱼群算法[J];系统工程理论与实践;2002年11期
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 刘昊;基于聚类算法和相互作用网络的蛋白质功能预测研究[D];湖南大学;2009年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 许小健;张金轮;;微进化算法[J];安徽工程科技学院学报(自然科学版);2010年04期
2 陆克芬;方崇;张春乐;;基于人工鱼群算法的投影寻踪评价方法研究[J];安徽农业科学;2009年23期
3 陆克芬;刘延明;方崇;;基于人工鱼群算法的农田灌溉水质评价投影寻踪分析[J];安徽农业科学;2009年28期
4 陈祥生;梁栋;王会颖;;人工鱼群算法与遗传算法融合求解聚类问题研究[J];安徽农业科学;2010年36期
5 冀德刚;石金芝;范彦芳;;一种基于人工鱼群算法的Choquet积分回归推广模型[J];安徽农业科学;2011年02期
6 王会颖;倪志伟;陈祥生;;基于鱼群算法的多维背包问题研究[J];安徽农业科学;2011年10期
7 齐名军;王鹏宇;;量子人工鱼群算法[J];安徽农业科学;2012年08期
8 孙文新;齐名军;;人工鱼群优化在云计算环境中任务调度算法[J];安徽农业科学;2012年11期
9 孙文新;齐名军;;基于混合策略机制的人工鱼群算法[J];安徽农业科学;2012年12期
10 杨丽;杨亚莉;;人工鱼群算法在图像配准中的应用[J];安顺学院学报;2011年05期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 ;Facial Expression Recognition Using RBF Neural Network Based On Improved Artificial Fish Swarm Algorithm[A];第二十七届中国控制会议论文集[C];2008年
2 孔璐蓉;鞠彦兵;;智能仿生算法研究综述[A];第12届全国信息管理与工业工程学术会议论文汇编[C];2008年
3 ;Study on a Solution of Pursuit-evasion Differential Game Based on Artificial Fish School Algorithm[A];Proceedings of 2010 Chinese Control and Decision Conference[C];2010年
4 刘耀年;姚玉萍;李迎红;刘俊峰;;基于人工鱼群算法RBF神经网络[A];第十届全国电工数学学术年会论文集[C];2005年
5 李国庆;孙浩;;基于改进人工鱼群算法的可用输电能力计算[A];第十一届全国电工数学学术年会论文集[C];2007年
6 刘春波;罗志平;王会进;刘丽华;余秀琴;;基于人工鱼群算法的QoS组播路由问题的求解[A];第三届中国智能计算大会论文集[C];2009年
7 陈家照;罗寅生;;群智能优化算法研究[A];第三届中国智能计算大会论文集[C];2009年
8 李倩;黄临平;;人工鱼算法在磁位场反演中的应用[A];中国地球物理2010——中国地球物理学会第二十六届年会、中国地震学会第十三次学术大会论文集[C];2010年
9 周国飞;赵杰颖;李祚泳;;大气环境质量评价、预测及优化方法进展[A];第26届中国气象学会年会大气成分与天气气候及环境变化分会场论文集[C];2009年
10 俞洋;孔洁;田亚菲;;基于人工鱼群算法的IIR数字滤波器设计[A];2005通信理论与技术新进展——第十届全国青年通信学术会议论文集[C];2005年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 王蕊;无线传感器网络部署与拓扑控制研究[D];哈尔滨工程大学;2009年
2 吴德烽;计算智能在三维表面扫描机器人系统中的应用研究[D];大连海事大学;2010年
3 罗彬;基于MMOI方法的电信客户流失预测与挽留研究[D];电子科技大学;2010年
4 周晖;自由搜索算法及其在传感器网络中的应用[D];东华大学;2010年
5 张凌云;高密度电阻率勘探反演的非线性方法研究[D];太原理工大学;2011年
6 覃晖;流域梯级电站群多目标联合优化调度与多属性风险决策[D];华中科技大学;2011年
7 金劲;群集智能算法在网络策略中的研究及其应用[D];兰州理工大学;2011年
8 王联国;人工鱼群算法及其应用研究[D];兰州理工大学;2009年
9 刘波;粒子群优化算法及其在机电设备中的应用研究[D];中北大学;2011年
10 缪鹍;公(铁)工程三维选线的群智能算法研究[D];中南大学;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 柳枝华;微粒群优化算法的改进及应用[D];南昌航空大学;2010年
2 邵晓路;蚁群群体智能网络可视化试验平台研制[D];浙江理工大学;2010年
3 陈阳;基于人工鱼的全局优化文化算法及其应用[D];郑州大学;2010年
4 王月;基于群集智能的多水下机器人协调研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
5 杨立标;基于混合优化策略的粒子群算法及其应用研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
6 杨惠;基于粒子群和蚁群融合算法的移动机器人路径规划研究[D];长沙理工大学;2010年
7 朱沁;天津港集装箱内支线运输发展对策研究[D];大连海事大学;2010年
8 黄文娟;基于人工鱼群算法的动态目标跟踪技术研究[D];天津理工大学;2010年
9 余高;改进人工鱼群算法及其在QoS路由问题中的应用[D];广西民族大学;2010年
10 刘凌子;混合文化进化群智能算法及其应用[D];广西民族大学;2010年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 李晓磊,钱积新;基于分解协调的人工鱼群优化算法研究[J];电路与系统学报;2003年01期
2 杨世坚,贺国光;基于模糊C均值聚类和神经网络的短时交通流预测方法[J];系统工程;2004年08期
3 卢有麟;周建中;李英海;覃晖;;基于混沌搜索的自适应差分进化算法[J];计算机工程与应用;2008年10期
4 陈娟;陈崚;;多重序列比对的蚁群算法[J];计算机应用;2006年S1期
5 吴亮红;王耀南;袁小芳;周少武;;自适应二次变异差分进化算法[J];控制与决策;2006年08期
6 蒋雄飞;杨洁;王炜;;Alzheimer’s疾病相关蛋白质相互作用网络构建及其相互作用预测[J];南京大学学报(自然科学版);2006年05期
7 李晓磊,路飞,田国会,钱积新;组合优化问题的人工鱼群算法应用[J];山东大学学报(工学版);2004年05期
8 卢宏超;石秋艳;石宝晨;张治华;赵屹;唐素勤;熊磊;王强;陈润生;;基于蛋白质网络功能模块的蛋白质功能预测[J];生物化学与生物物理进展;2006年05期
9 刘中扬;李栋;朱云平;贺福初;;蛋白质相互作用网络进化分析研究进展[J];生物化学与生物物理进展;2009年01期
10 张春霆;生物信息学的现状与展望[J];世界科技研究与发展;2000年06期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 李晓磊;一种新型的智能优化方法-人工鱼群算法[D];浙江大学;2003年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 刘白;周永权;;基于遗传算法的人工鱼群优化算法[J];计算机工程与设计;2008年22期
2 曲良东;何登旭;;混合变异算子的人工鱼群算法[J];计算机工程与应用;2008年35期
3 胡孟杰;;TSP问题的人工鱼群解决方案[J];中国科技信息;2009年11期
4 聂黎明;熊蜀峰;韩冰;;基于区间人工鱼群算法的区间套构造方法[J];科技信息;2010年16期
5 李春梅;马良;;求解多维0-1背包问题的人工鱼群算法[J];数学的实践与认识;2010年17期
6 宋潇潇;孙棣华;解佳;;基于极坐标编码的改进人工鱼群算法[J];系统工程与电子技术;2010年10期
7 杨礼;刘高峰;杨智杰;陈姝;;基于人工鱼群算法的空洞探测[J];计算机工程与应用;2011年11期
8 李媛;;基于人工鱼群算法的多元线性回归分析问题处理[J];渤海大学学报(自然科学版);2011年02期
9 殷志锋;田亚菲;;基于人工鱼群算法的IIR数字滤波器设计[J];信息技术;2006年07期
10 陈俊清;朱文兴;;基于人工鱼群算法的分类规则发现[J];福州大学学报(自然科学版);2007年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 高翠芳;吴小俊;;基于二阶差分的聚类数自动确定方法[A];江苏省系统工程学会第十一届学术年会论文集[C];2009年
2 刘耀年;姚玉萍;李迎红;刘俊峰;;基于人工鱼群算法RBF神经网络[A];第十届全国电工数学学术年会论文集[C];2005年
3 徐公林;张铁龙;;人工鱼群算法在电力系统负荷模型参数辨识中的应用[A];中国高等学校电力系统及其自动化专业第二十四届学术年会论文集(中册)[C];2008年
4 刘春波;罗志平;王会进;刘丽华;余秀琴;;基于人工鱼群算法的QoS组播路由问题的求解[A];第三届中国智能计算大会论文集[C];2009年
5 石鸿雁;贝肇宇;;一种求解函数优化的混合蚁群算法[A];2009中国控制与决策会议论文集(3)[C];2009年
6 李国庆;孙浩;;基于改进人工鱼群算法的可用输电能力计算[A];第十一届全国电工数学学术年会论文集[C];2007年
7 俞洋;孔洁;田亚菲;;基于人工鱼群算法的IIR数字滤波器设计[A];2005通信理论与技术新进展——第十届全国青年通信学术会议论文集[C];2005年
8 相里碧玉;蔡金锭;孙轶群;;配电网重构与电容器投切综合优化的研究[A];中国高等学校电力系统及其自动化专业第二十四届学术年会论文集(中册)[C];2008年
9 李晓磊;钱积新;;人工鱼群算法:自下而上的寻优模式[A];过程系统工程2001年会论文集[C];2001年
10 杨青;刘晔;张东旭;刘畅;;快速查找最优初始聚类数K的改进K-means算法[A];中国自动化学会控制理论专业委员会A卷[C];2011年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 王联国;人工鱼群算法及其应用研究[D];兰州理工大学;2009年
2 李晓磊;一种新型的智能优化方法-人工鱼群算法[D];浙江大学;2003年
3 宗瑜;聚类质量改进方法的研究[D];大连理工大学;2010年
4 刘佳;电力系统中若干优化问题的研究[D];东北大学;2009年
5 张梅凤;人工鱼群智能优化算法的改进及应用研究[D];大连理工大学;2008年
6 吴斌;车辆路径问题的粒子群算法研究与应用[D];浙江工业大学;2008年
7 王飞;地面等待策略中的时隙分配模型与算法研究[D];南京航空航天大学;2010年
8 曲建华;基于群体智能的聚类分析[D];山东师范大学;2010年
9 于秀娟;加工过程的质量异常预测与诊断方法研究[D];吉林大学;2011年
10 秦品乐;船舶液货装卸智能控制系统关键技术研究[D];大连理工大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 陈祥生;人工鱼群算法在聚类问题中的应用研究[D];安徽大学;2010年
2 吴爽;基于群智能机理的PPI网络功能模块聚类[D];陕西师范大学;2012年
3 杨浩杰;高考志愿填报的数据分析研究[D];河南大学;2011年
4 魏巍;人工鱼群算法的改进研究与应用[D];华北电力大学(北京);2010年
5 张红霞;人工鱼群算法的改进及其在异步电动机模型参数辨识中的应用[D];华北电力大学(北京);2011年
6 施秋红;人工鱼群算法的改进及应用研究[D];甘肃农业大学;2010年
7 黄文娟;基于人工鱼群算法的动态目标跟踪技术研究[D];天津理工大学;2010年
8 陈斐;改进的人工鱼群算法分析与研究[D];西安电子科技大学;2012年
9 程永明;群智能优化算法及其在通信中的应用研究[D];山东大学;2010年
10 王宗利;基于AFSA的聚类算法研究及应用[D];山东师范大学;2010年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026