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《计算机工程与应用》 2009年36期
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一种新算法在基因表达谱聚类中的应用

张国印  程慧杰  刘咏梅  姚爱红  
【摘要】:聚类分析是从基因表达数据中提取生物医学信息的主要方法。针对基本粒子群优化算法易陷入局部极值和对可调参数敏感的问题,提出了一种新型粒子对算法来解决基因聚类问题。算法初始化四个粒子,随机分成两对,将K-均值快速聚类的结果作为每个粒子对中一个粒子的初始位置。在每次迭代中,粒子仅依靠自身速度和粒子对的最佳位置来完成自身更新。每个粒子对产生的精英粒子,组成一个新的粒子对,继续搜索,新粒子对的最优位置即为聚类算法的最优解。实验结果表明算法具有良好的同质性和差异性,且在计算时间和收敛速度方面具有相当的优势。

【引证文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 禤浚波;吴小霞;王珍珍;张超英;;基于粒子对和极值优化的基因聚类混合算法研究[J];计算机应用研究;2011年10期
2 禤世丽;杨秋叶;张超英;禤浚波;;基于粒子对和差分进化的基因表达数据聚类[J];计算机应用研究;2012年07期
中国硕士学位论文全文数据库 前2条
1 禤浚波;基于粒子对和极值优化的基因聚类混合算法研究[D];广西师范大学;2011年
2 禤世丽;基于粒子对和差分进化的基因聚类混合算法研究[D];广西师范大学;2012年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 巩敦卫;张勇;张建化;周勇;;新型粒子群优化算法[J];控制理论与应用;2008年01期
2 高尚;杨静宇;;一种新的基于粒子群算法的聚类方法[J];南京航空航天大学学报;2006年S1期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 高桂清;王汉坤;武建;赵建波;;基于模糊理论及蚁群算法打击任务量化[J];四川兵工学报;2009年10期
2 邹刚;孙即祥;敖永红;;粒子群优化的聚类方法在图像分割中的应用[J];电光与控制;2009年02期
3 舒健生;武健;赵建波;王晓梅;王少峰;;基于改进粒子群算法的巡航高度优化[J];电光与控制;2010年02期
4 金翠云;王建林;马江宁;王颖;;改进的PSO算法及其在PID控制器参数整定中的应用[J];电子测量与仪器学报;2010年02期
5 任子晖;王坚;;基于熵的改进粒子群优化算法[J];系统工程;2009年08期
6 王伟;沈振中;王连庆;;基于粒子群聚类算法的大坝安全监控模型[J];河海大学学报(自然科学版);2008年04期
7 陈世明;江冀海;郑丽楠;聂森;;基于自适应变异粒子群优化算法的移动机器人路径规划[J];机床与液压;2010年23期
8 孙洋;罗可;;基于该粒子群算法的聚类算法[J];计算机工程与应用;2009年33期
9 周辉;乐晓波;;基于Petri网建模的并行粒子群算法[J];计算机工程与应用;2010年31期
10 高显忠;罗文彩;侯中喜;;应用改进PSO算法求解待约束优化问题[J];计算机仿真;2009年10期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 赵亮;;遗传增强混沌粒子群算法[A];第二十九届中国控制会议论文集[C];2010年
中国博士学位论文全文数据库 前7条
1 曲建华;基于群体智能的聚类分析[D];山东师范大学;2010年
2 陈志国;基于群体智能的机器视觉的关键技术研究[D];江南大学;2010年
3 金劲;群集智能算法在网络策略中的研究及其应用[D];兰州理工大学;2011年
4 刘鹏;基于多传感器融合无损检测鸡蛋品质的研究[D];南京农业大学;2011年
5 张雪萍;基于群集智能的带约束条件空间聚类分析研究[D];解放军信息工程大学;2007年
6 赵吉;群体智能算法研究及其应用[D];江南大学;2010年
7 张晓龙;艾萨铜熔炼配料优化及状态控制参数预测方法研究[D];昆明理工大学;2012年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 刘琼;基于群体智能的聚类算法研究[D];长沙理工大学;2010年
2 孙洋;基于免疫遗传算法和粒子群算法的聚类研究[D];长沙理工大学;2010年
3 孔帅;变电站负荷聚类与综合负荷建模研究[D];长沙理工大学;2010年
4 左浩;模糊聚类与粒子群算法在图像分割中的应用研究[D];江西理工大学;2011年
5 张磊;关联规则挖掘算法的研究及应用[D];佳木斯大学;2011年
6 武忠勇;基于自适应邻域探测和种群质心学习机制的PSO算法研究[D];华侨大学;2011年
7 党振;基于贝叶斯网络和PSO算法的可靠性分析优化方法及应用[D];燕山大学;2012年
8 范伟光;基于频域特性的分数阶系统辨识及控制器参数整定[D];北京化工大学;2011年
9 陈永彬;基于聚焦爬虫技术的教学资源搜集与自动整理方法研究[D];东北师范大学;2011年
10 刘金雷;汽车发动机测试数据采集系统的研究与设计[D];江南大学;2012年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 阮晓钢;李晓明;王金莲;;边介数聚类算法在肿瘤基因表达谱中的应用[J];北京工业大学学报;2008年07期
2 纪震;廖惠连;许文焕;姜来;;粒子对算法在图像矢量量化中的应用[J];电子学报;2007年10期
3 王正华,王勇献;后基因组时代生物信息学的新进展[J];国防科技大学学报;2003年01期
4 毕晓君;刘国安;;种群分类粒子群改进算法研究[J];哈尔滨工程大学学报;2008年09期
5 陆媛;杨慧中;;基于代表熵的基因表达数据聚类分析方法[J];计算机工程与应用;2008年27期
6 高倩倩;须文波;孙俊;;量子行为粒子群算法在基因聚类中的应用[J];计算机工程与应用;2010年21期
7 禤浚波;吴小霞;王珍珍;张超英;;基于粒子对和极值优化的基因聚类混合算法研究[J];计算机应用研究;2011年10期
8 欧阳金华;孙季丰;;基于改进粒子群算法的矢量量化码书设计研究[J];科学技术与工程;2010年28期
9 吴旻;生物信息学的发展[J];中国科学院院刊;1998年03期
10 杨启文,蒋静坪,曲朝霞,张国宏;应用逻辑操作改善遗传算法性能[J];控制与决策;2000年04期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 杨春梅;基因表达数据聚类分析算法研究和应用[D];天津大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前4条
1 梅丽;人类启动子识别算法研究[D];辽宁师范大学;2010年
2 禤浚波;基于粒子对和极值优化的基因聚类混合算法研究[D];广西师范大学;2011年
3 高倩倩;基因表达数据的聚类算法研究及其实现[D];江南大学;2009年
4 易文周;粒子群与差分进化混合算法的研究[D];广西师范大学;2009年
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 禤世丽;杨秋叶;张超英;禤浚波;;基于粒子对和差分进化的基因表达数据聚类[J];计算机应用研究;2012年07期
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 禤世丽;基于粒子对和差分进化的基因聚类混合算法研究[D];广西师范大学;2012年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前3条
1 李爱国,覃征,鲍复民,贺升平;粒子群优化算法[J];计算机工程与应用;2002年21期
2 高尚,杨静宇,吴小俊;聚类问题的蚁群算法[J];计算机工程与应用;2004年08期
3 高尚;杨静宇;;求解聚类问题的混合粒子群优化算法[J];科学技术与工程;2005年23期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 李丙春;;粒子群优化算法及其应用[J];喀什师范学院学报;2006年03期
2 刘彤彤;;基于小波网络的复杂系统建模方法研究[J];科技咨询导报;2007年11期
3 吴文珍;梁兴柱;房会军;马爱琴;;粒子群优化算法在管道保温优化设计中的应用[J];大庆石油学院学报;2007年03期
4 史海军;王志刚;郭广寒;;引入变异算子的粒子群优化算法[J];长春理工大学学报(自然科学版);2007年03期
5 郭伟;陈广义;;神经网络基于改进型粒子群算法的研究[J];佛山科学技术学院学报(自然科学版);2007年05期
6 关圣涛;楚纪正;邵帅;;粒子群优化算法在非线性模型预测控制中的研究应用[J];北京化工大学学报(自然科学版);2007年06期
7 林令娟;刘希玉;;动态自适应微粒群优化算法[J];信息技术与信息化;2009年02期
8 杨晓燕;;一种离散型多目标粒子群优化算法[J];莆田学院学报;2010年02期
9 赵建辉;张宪;李志勇;李良洪;付少波;;粒子群优化点匹配算法[J];微计算机信息;2010年15期
10 湛燕;陈昊;;使用粒子群优化算法学习聚类算法的参数[J];大众科技;2010年06期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 王琦;李雪;刘彦;朱志兵;薛英威;傅松滨;;应用基因表达谱芯片研究胃癌基因表达谱[A];中国的遗传学研究——中国遗传学会第七次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2003年
2 蔡彦宁;温玫;张愚;陈彪;;帕金森患者尾状核中基因表达谱研究[A];中华医学会第七次全国神经病学学术会议论文汇编[C];2004年
3 石文静;陈超;胡宝洋;龚红华;周国民;;新生小鼠视网膜病变的基因表达谱变化[A];2006(第三届)江浙沪儿科学术会议暨浙江省儿科学术年会论文汇编[C];2006年
4 于英男;洪源;李烨;成军;李燕;;刀豆素蛋白引起免疫性肝损伤小鼠肝脏基因表达谱变化[A];第十届全国生化与分子药理学术会议论文摘要汇编[C];2007年
5 孙开来;郝冬梅;孙秀菊;郑志红;富伟能;;胃癌发生发展过程中基因表达谱检测[A];中国的遗传学研究——中国遗传学会第七次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2003年
6 刘培强;谢青松;朱大铭;;用于基因表达谱数据聚类分析的贪心图划分算法研究[A];2006年全国理论计算机科学学术年会论文集[C];2006年
7 高瑞兰;陈小红;林筱洁;钱煦岱;徐卫红;吴超群;;三七皂苷诱导造血细胞基因表达谱的研究[A];2005年华东六省一市血液病学学术会议暨浙江省血液病学学术年会论文汇编[C];2005年
8 张进;肖波;吴志国;李国良;杨晓苏;李静;;颞叶癫痫大鼠模型海马基因表达谱和蛋白表达谱的研究[A];中华医学会第七次全国神经病学学术会议论文汇编[C];2004年
9 高瑞兰;陈小红;林筱洁;钱煦岱;徐卫红;吴超群;;三七皂苷诱导造血细胞基因表达谱的研究[A];第三届海峡两岸中西医结合学术研讨会论文集[C];2005年
10 吴红金;吕俊萍;马增春;王升启;;川芎嗪对培养人脐静脉内皮细胞基因表达谱的影响[A];第六次全国中西医结合血瘀证及活血化瘀研究学术大会论文汇编[C];2005年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 记者 衣晓峰 通讯员 李小莲;探寻“证”的基因表达谱[N];中国中医药报;2009年
2 ;聚类分析在自身免疫病基因表达谱研究中的初步应用[N];中国医药报;2003年
3 记者 张学全 张建松;我人类功能基因研究获重要进展[N];新华每日电讯;2000年
4 胡永忠;专家热论生物医药[N];医药经济报;2002年
5 通讯员吴志军 刘征云;咬定青山不放松[N];科技日报;2002年
6 记者 胡德荣 通讯员 汪敏;我国两项基因研究达国际先进[N];健康报;2000年
7 秦红 冷明祥 王兴东;南医大汇集 群雄“抢”基因[N];新华日报;2001年
8 陈瑜;沈自尹;陈伟平;淫羊藿总黄酮重建衰老免疫稳态的分子机制[N];中国医药报;2005年
9 薛开先;基因组学研究对中医现代化的启示[N];中国中医药报;2001年
10 华夏证券研究所 崇松;生物芯片为何走不出实验室[N];中国经营报;2000年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 田素礼;应用基因表达谱芯片探讨Oxaliplatin诱导人结肠癌细胞凋亡分子机制的实验研究[D];吉林大学;2005年
2 胡吉;垂体瘤组织基因表达谱及发病机制研究[D];复旦大学;2005年
3 黄志刚;应用肿瘤基因解剖工程数据库及RNA干扰技术检测大肠癌基因表达谱[D];复旦大学;2005年
4 黄静;扶正增效方对非小细胞肺癌放射增敏的临床及基因表达谱研究[D];北京中医药大学;2006年
5 姚实林;阳虚质理论及其外周血基因表达谱研究[D];北京中医药大学;2007年
6 马丽娟;利用激光捕获显微切割及基因芯片技术构建喉鳞状细胞癌基因组差异表达谱[D];中南大学;2008年
7 周美启;针刺心经与小肠经干预急性心肌缺血大鼠心脏和下丘脑基因表达谱比较研究[D];广州中医药大学;2005年
8 祝骥;人红白血病K562细胞基因表达谱芯片制作及应用研究[D];华南理工大学;2002年
9 张骞;红色毛癣菌孢子EST构建及基因表达谱分析[D];吉林大学;2007年
10 郭帮富;骨质疏松症患者成骨细胞基因表达与中医证型的相关性研究[D];广州中医药大学;2008年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 孙晶晶;粒子群优化算法的改进及其应用研究[D];陕西师范大学;2010年
2 王婧;基于粒子群优化算法的集群调度策略研究[D];中国石油大学;2011年
3 张新娟;改进粒子群优化算法及其在图像分割中的应用[D];陕西师范大学;2011年
4 刘煌;基于GA的改进粒子群算法研究及其在TSP上的应用[D];武汉理工大学;2010年
5 苗爱敏;基于动态特征的粒子群优化算法研究[D];云南大学;2010年
6 杨洋;基于粒子群优化算法的准循环LDPC码构造[D];北京交通大学;2011年
7 沈锡;基于粒子群优化算法的船舶航向PID控制[D];大连海事大学;2011年
8 刘现;蛋白质结构预测的粒子群优化算法研究[D];福建农林大学;2011年
9 王莹;基于粒子群优化算法的无功优化及规划[D];天津大学;2005年
10 马艳伟;基于粒子群优化的异构多处理器任务调度算法研究应用[D];杭州电子科技大学;2010年
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