收藏本站
《中国科学:生命科学》 2014年03期
收藏 | 投稿 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

基于RNA-Seq高通量测序技术的牦牛卵巢转录组研究:进一步完善牦牛基因结构及挖掘与繁殖相关新基因

兰道亮  熊显荣  位艳丽  徐通  钟金城  字向东  王永  李键  
【摘要】:RNA-Seq作为近年来新发展起来的高通量转录组测序技术,为大规模转录组学研究提供了一种全新的且更为有效的方法.目前该技术已广泛应用于转录组学中多方面的研究,尤其近年来,该技术在进一步完善基因结构信息及挖掘新转录本及新基因方面的功能也逐渐受到关注.本研究以牦牛卵巢组织作为研究对象,应用RNA-Seq技术对其进行高通量转录组测序分析,经测序后得到了一个包含26826516条过滤后测序读数,4828772880 bp的卵巢测序文库,比对分析显示,有16992条牦牛基因发生表达,其中3734条基因存在不同类型的可变剪接.功能分析表明,这些表达基因涉及多种GO分类及KEGG通路.进一步分析转录组数据发现,共有7340个基因的5′或3′端在原有基因组的位置基础上发生了延伸,同时还发现了6321个新转录本,定位回基因组预测显示,外显子数量为1~84个,其中2267个新转录本预测具有编码蛋白的能力.比对分析显示,共有1200~4993条新转录本分别与Nt数据库、Nr数据库及SwissProt数据库中的基因比对上,其中与牛相似性基因最多(41.4%),其次为野牦牛(33.0%)、绵羊(6.3%)、人类(2.8%)及小鼠(1.6%)等其他物种.进一步对新转录本进行GO分类注释,结果显示,与繁殖发育相关的GO分类占有较大比例,其中繁殖类别(reproduction)所涉及的新转录本最多.本研究结果为描绘牦牛卵巢正常转录组图谱及进一步探析牦牛繁殖性能提供了基础,同时证实RNA-Seq高通量转录组技术在完善基因结构及挖掘新转录本及新基因方面的具有强大的优势,为进一步完善牦牛基因组结构信息及挖掘潜在的新基因提供了丰富数据.
【作者单位】西南民族大学青藏高原研究院;西南民族大学生命科学与技术学院;深圳华大基因研究院;
【基金】:国家科技支撑计划(批准号:2012BAD13B06) 国家公益性行业(农业)科研专项(批准号:201203009)资助
【分类号】:S823.85;Q78
【正文快照】:
转录组(transcriptome)指特定组织或细胞在某一环境或生理条件下所转录表达的所有RNA的总和,既包括编码蛋白的mRNA,也包括了各种非编码RNA,是连接基因组遗传信息与蛋白质组生物功能的纽带[1,2].转录组研究作为后基因组时代的重要组学研究,不仅为研究基因表达及调控提供了重要

【参考文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 李丹,卢光琇,傅俊江,莫亚勤,邢晓为,刘刚;一个新的人类睾丸特异基因的cDNA克隆和表达分析[J];遗传学报;2004年06期
2 郭丽丽,慈宏亮,单红爽,邹星,翟永功,李亦平;人类锌指结构新基因ZNF18的克隆和表达谱分析[J];遗传;2005年04期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 Bao-Hua Ji;Bo Huo;;Probing the mechanosensitivity in cell adhesion and migration: Experiments and modeling[J];Acta Mechanica Sinica;2013年04期
2 Jin-Feng Wang;Chao Liu;Qu Zhang;Guan-Hong Huang;;Research progress in the radioprotective effect of the canonical Wnt pathway[J];Cancer Biology & Medicine;2013年02期
3 王春庆;田秦杰;;性发育异常发病机制的研究进展[J];国际生殖健康/计划生育杂志;2013年05期
4 ;Literature and patent analysis of the cloning and identification of human functional genes in China[J];Science China(Life Sciences);2012年03期
5 夏燕;唐丽莎;姚磊;万波;杨鲜梅;余龙;;中国人类功能基因克隆与鉴定研究的文献与专利分析[J];中国科学:生命科学;2011年11期
6 唐雪芳;贺修胜;;生物信息学策略鉴定新基因[J];现代生物医学进展;2008年07期
7 鲁力文;李亚娟;李会;王方;钟梁;冯文莉;;靶向G偶联蛋白受体87基因shRNA重组表达质粒的构建及鉴定[J];中国生物制品学杂志;2014年01期
8 章显宝;汪瑛;王震;孔红兵;汪节;江六顺;郭晓利;肖伟;;项丛刺针法对缺血性脑卒中后遗症大鼠BDNF、NGF以及神经行为学的影响[J];上海针灸杂志;2014年02期
9 刘广发,曾活水,陈启伟,高亚辉;假单胞菌Na~+/H~+逆向转运蛋白基因nhaA的克隆与鉴定[J];遗传学报;2005年03期
10 刘媛;蔡嘉斌;蒋国松;童强松;;基于EST的新基因克隆策略[J];遗传;2008年03期
中国博士学位论文全文数据库 前9条
1 沈薇;卵巢衰老相关基因的功能验证和机制探讨[D];华中科技大学;2013年
2 吴飞;Hint1抑制肝纤维化作用机制的研究[D];华中科技大学;2013年
3 张宝乐;猪Gpr3基因特征、表达及其对卵泡颗粒细胞的影响[D];南京农业大学;2012年
4 吴南;全外显子组测序探寻中国汉族人群先天性脊柱侧凸致病基因的研究[D];北京协和医学院;2012年
5 郭园园;Wnt/β-catenin信号通路在腹膜透析腹膜间皮细胞转分化中的作用及机制研究[D];中南大学;2012年
6 王继东;activinA对大鼠卵泡发育的调控及分子机制研究[D];重庆医科大学;2013年
7 翟博;BMP15调节猪卵丘细胞凋亡的信号通路研究[D];吉林大学;2013年
8 王勇;NGF及其受体对卵泡发育调控的分子机制研究[D];中国科学技术大学;2013年
9 苏峰;HBD3抗结核能力鉴定及抗结核转基因牛生产[D];西北农林科技大学;2013年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 洪林;甘蓝型油菜精氨酸脱羧酶基因的克隆及原核表达[D];西南大学;2011年
2 林奕婷;SPATA12基因的转录调控机制研究[D];湖南大学;2012年
3 孙兴俊;慢性扁桃体炎中人β-防御素-3的表达及意义[D];兰州大学;2013年
4 岳海泉;DEFB-1基因多态性与甘肃裕固族人群龋病易感性的关联性研究[D];兰州大学;2013年
5 宋琳;Cx43在人卵巢颗粒细胞中的表达及与体外受精—胚胎移植结局关系的研究[D];郑州大学;2013年
6 苏虹;HPV16 E7c与人β防御素2融合基因表达质粒的构建、表达与免疫功能实验研究[D];南昌大学;2012年
7 李卉;DHA对乳腺癌细胞系的化疗增敏性研究[D];南华大学;2013年
8 胡蓉;脱氢表雄酮对卵巢储备功能下降患者IVF治疗结局及大鼠卵巢雄激素受体表达的影响[D];天津医科大学;2013年
9 马跃;生育三烯酚诱导结肠癌细胞死亡的方式及机制研究[D];天津医科大学;2013年
10 刘婷;β-catenin、cyclinD1与Ki-67在胶质瘤中的表达及意义[D];新疆医科大学;2013年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前4条
1 姜宏,李麓芸,卢光琇;小鼠生精细胞凋亡相关基因的分子克隆[J];生物化学与生物物理学报;2001年04期
2 刘上峰,李麓芸,傅俊江,刘刚,邢晓为,卢光琇;利用巢式PCR技术和人类基因组草图搜索法快速获得人类睾丸生精细胞凋亡相关基因TSARG2[J];生物化学与生物物理学报;2002年03期
3 傅俊江,李麓芸,卢光;DEAD/H盒超家族新成员———人DDX36和小鼠Ddx36基因的分子克隆和特性(英文)[J];生物化学与生物物理学报;2002年05期
4 傅俊江,卢光琇,李麓芸,刘刚,邢晓为,刘上峰;睾丸生精细胞凋亡相关基因TSARG1与Mtsarg1的分子克隆及Mtsarg1基因的表达谱分析[J];遗传学报;2003年01期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 黑占珠,谢仲强;青海果洛州德昂乡屠宰牦牛大肠杆菌耐药性观察[J];青海畜牧兽医杂志;2005年02期
2 欧阳熙;;牦牛的生态地理分布及其与生态因子的关系[J];西南民族大学学报(自然科学版);1990年01期
3 张寿,王应安,贾荣莉,常兰,尚海忠,李万财,李俊花,李富寿;高原牦牛卵巢及卵泡的形态观测[J];中国兽医科技;2001年06期
4 曾群辉,查果,旦巴次仁,索珍,潘多;牦牛致病性大肠埃希氏菌病的诊断[J];中国预防兽医学报;2001年02期
5 梁东春,张俊,谢娟,左爱军,张镜宇;牦牛肝脏cDNA文库的构建[J];遗传;2003年04期
6 李齐发,赵兴波,罗晓林,姚平,李宁,田志华,吴常信,谢庄;牦牛基因组微卫星富集文库的构建与分析[J];遗传学报;2004年05期
7 祁云霞;刘永斌;荣威恒;;转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J];遗传;2011年11期
8 陈守筠;郑玉才;余桂馨;;麦洼牦牛和德昌水牛血清酯酶同工酶研究[J];西南民族大学学报(自然科学版);1990年01期
9 钟金城;张成忠;蔡立;;牦牛(Bos Grunniens)染色体高分辨G带带型的研究[J];西南民族大学学报(自然科学版);1992年01期
10 朴影;郑玉才;金素钰;苏永杰;文勇立;陈炜;;牦牛血红蛋白β链基因的克隆及序列分析[J];四川动物;2007年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 袁青妍;黄治国;李齐发;谢庄;刘红林;殷甫路;赵永华;;牦牛α_1-珠蛋白基因的克隆和序列分析[A];江苏省遗传学会第七届代表大会暨学术研讨会论文摘要汇编[C];2006年
2 邝良德;林亚秋;郑玉才;李玉萍;贺庆华;王水;徐亚欧;文勇立;;九龙牦牛A-FABP基因克隆及组织和时序表达差异[A];第九届西南三省一市生物化学与分子生物学学术交流会论文集[C];2008年
3 郑玉才;洪键;贺庆华;邝良德;杜晞;金素钰;;牦牛睾丸特异乳酸脱氢酶-C基因的克隆及其选择性剪接的研究[A];第九届西南三省一市生物化学与分子生物学学术交流会论文集[C];2008年
4 杨联;王磊;张利平;吴建平;;牦牛生长激素(GH)基因克隆及原核表达[A];中国动物遗传育种研究进展——第十五次全国动物遗传育种学术讨论会论文集[C];2009年
5 杨小龙;高志华;刘敬泽;;蜕皮激素对长角血蜱卵黄发生的影响[A];中国动物学会北方七省市动物学会学术研讨会论文集[C];2005年
6 刘韵佳;欧阳五庆;杨光敏;孙红武;张黎;;EMP对卵巢、子宫和乳腺上皮细胞的影响[A];全国动物生理生化第十次学术交流会论文摘要汇编[C];2008年
7 郑玉才;;牦牛乳酸脱氢酶遗传变异的分子机制研究[A];中国遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编(2004-2008)[C];2008年
8 欧阳红生;李慎涛;张永亮;赵建军;孙博兴;张锐;张云霞;刘松财;张玉静;;猪肌生成抑制素基因结构和表达组织分析研究[A];新世纪 新机遇 新挑战——知识创新和高新技术产业发展(上册)[C];2001年
9 郑学礼;陈晓光;郑良彪;;冈比亚按蚊三个Gecropin基因结构与调节[A];中国动物学会全国第九次寄生虫学学术讨论会论文摘要集[C];2003年
10 潘琼;宋小白;秦津;黎金秀;龙柳宏;;促性腺激素细胞研究进展[A];中国畜牧兽医学会动物解剖学及组织胚胎学分会第十五次学术研讨会论文集[C];2008年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 罗玉山;自杀之谜[N];中国商报;2000年
2 ;环境影响人类基因“表达”,诊病需考虑[N];新华每日电讯;2008年
3 本报记者 王东生 张大仓;牦牛基因组计划测序工作应纳入动物基因组计划[N];中国畜牧水产报;2000年
4 本报特约记者 朱翔;狗与狼是否真是亲戚?[N];北京科技报;2005年
5 记者 彭勇;中国人群血型基因结构在深圳获得研究突破[N];新华每日电讯;2006年
6 国斌;神奇卵子库:把做母亲的希望寄存起来[N];中国医药报;2003年
7 记者 肖陵军;加科学家利用老鼠培育出人类卵子[N];人民日报;2000年
8 平安证券综合研究所 马超 高利;基因芯片:方寸之间天地宽[N];中国证券报;2000年
9 孙丽萍 仇逸;科学家呼吁尽快建立亚洲人种基因组SNP数据库[N];中国高新技术产业导报;2002年
10 曹丽君;人类第六号染色体成功破译[N];医药经济报;2003年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 梁书利;基于RNA-Seq技术的毕赤酵母转录组学研究及其表达元件的挖掘[D];华南理工大学;2012年
2 卢戌;基于第二代测序的转录组组装软件比较研究[D];兰州大学;2013年
3 李康;阿特拉津和毒死蜱对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)的毒性效应研究[D];华东师范大学;2005年
4 刘长虹;外周血单个核细胞的长期体外培养及丙型肝炎病毒细胞模型的建立[D];山东大学;2005年
5 王蔚;白氏文昌鱼BAC文库的构建及Pax基因家族的进化分析[D];厦门大学;2006年
6 唐蜻;集胞藻PCC6803 RNA结合蛋白基因rbp3在寒冷适应中的作用[D];中国科学院研究生院(水生生物研究所);2007年
7 刘梅;文昌鱼分子生物学:AmphiSRP19、AmphiLysC与AmphiS19基因克隆、表达和进化研究[D];中国海洋大学;2004年
8 邵宝平;牦牛脑神经对青藏高原生态环境适应的形态学机制[D];兰州大学;2008年
9 马长艳;中华绒螯蟹卵巢发育相关基因的研究[D];南京师范大学;2003年
10 杨小龙;长角血蜱卵黄发生及其激素调控[D];河北师范大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 孙凯;牦牛病毒性腹泻/粘膜病病毒全基因的测序、表达与生物信息学分析[D];西南民族大学;2012年
2 亓飞;毕赤酵母AOX1启动子的阻遏因子PpMig1、PpMig2的亚细胞定位及基于RNA-Seq技术的毕赤酵母基因组重注释和比较转录组学初步研究[D];华东理工大学;2014年
3 马彬云;牦牛MT-Ⅰ和MT-Ⅱ基因cDNA分子克隆及其核酸与蛋白质序列分析[D];甘肃农业大学;2004年
4 王安会;牦牛JHDM2A基因的克隆测序及其生物信息学分析[D];西南民族大学;2010年
5 白玉妍;小鼠性成熟过程中前列腺素E合成酶基因在卵巢中的表达[D];东北农业大学;2002年
6 王从容;Rh血型基因结构及遗传特点研究[D];第一军医大学;2002年
7 古松;牦牛肌红蛋白cDNA序列及其氧化特性的研究[D];四川大学;2007年
8 许文强;牦牛海马的形态特征及成体神经发生的初探[D];兰州大学;2012年
9 孙童;前列腺素E合成酶在小鼠卵巢中的表达与调节[D];东北农业大学;2003年
10 马利芳;青岛文昌鱼AmphiSDHD和AmphiS27基因克隆、表达与进化分析[D];中国海洋大学;2005年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026