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《基因组学与应用生物学》 2017年01期
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单核细胞与未成熟树突细胞的细胞骨架相关的核心差异基因表达的生物信息学分析

谭诚  胡祖权  龙金华  邱伟  刘丽娜  贾义  曾柱  
【摘要】:为进一步深入理解不同分化阶段树突状细胞(dendritic cells,DCs)的生物物理学特性和免疫学功能的差异。从CEO数据库获得CD14~+单核细胞(monocytes,mon)及其诱导而成的未成熟DCs(immature DCs,im DCs)的m RNA表达数据(芯片编号:GSE15076),利用R语言软件(RGui 3.2.3)解析原始数据并筛选差异基因。进一步利用STRING online工具筛选核心差异基因(可信度≥0.4),Cytoscape软件构造蛋白质相互作用网络图。对STRING online工具筛选核心差异基因进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析。实时荧光定量PCR技术检测mon及im DCs部分核心差异基因CCNB1、CDK5、IL-6和TNF在基因水平上的表达情况。im DCs相对于mon表达的差异的基因共3 371个(im DCs与mon对比,表达变化倍数≥2,p值0.05),其中上调基因为2 396个,下调基因为975个,通过进一步筛选后获得上调基因655个,下调基因110个,主要涉及m TOR信号通路、细胞代谢、细胞粘附等功能。其中上调基因中CDK5、CCNB1等差异基因与细胞骨架改变密切相关,而下调基因中IL-6、TNF、CXCR4等差异基因与细胞骨架改变密切相关,这对进一步深入理解im DCs独特的生物物理学特性和免疫学功能来说具有重要意义。

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