收藏本站
《分子植物育种》 2015年02期
收藏 | 投稿 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

基于RNA-Seq技术的甘蔗参考转录组建立及分析

李穆  程志远  石莹  何平  王先宏  何丽莲  李富生  
【摘要】:本研究基于RNA-Seq技术建立了一个由3个甘蔗原始亲本和8个不同来源的甘蔗栽培品种/系构成的甘蔗参考转录组,并进行生物信息学相关分析。研究结果表明:对供试材料+1叶RNA混合样本进行转录组测序,可组装出98 945条Contig,从中找到5 806个SSR位点,其中三核苷酸重复最多、六核苷酸重复最少,CCG/CGG出现的频率最高。进一步处理Contig获得75 656条Unigene,将所有的Unigene与Nr数据库、Swiss-Prot数据库、KEGG数据库和COG数据库进行Blast,有53 951条Unigene得到注释。在Nr和KEGG注释结果基础上,对Unigene进行GO和KEGG功能分类,分别获得44个功能小组和123个Pathway注释。研究结果可为研究甘蔗在不同时空条件下的差异基因表达奠定基础。

手机知网App
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前3条
1 吴海兰;王先宏;何丽莲;李富生;;基于SSR标记的云南甘蔗栽培品种遗传多样性分析[J];分子植物育种;2014年01期
2 祁云霞;刘永斌;荣威恒;;转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J];遗传;2011年11期
3 李小白;向林;罗洁;胡标林;田胜平;谢鸣;孙崇波;;转录组测序(RNA-seq)策略及其数据在分子标记开发上的应用[J];中国细胞生物学学报;2013年05期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 刘朋虎;邓优锦;江玉姬;谢宝贵;;草菇PGAM基因克隆、结构及其在同核、异核菌株中的表达量分析[J];福建农业学报;2012年03期
2 吴倩;张磊;黄志平;王大刚;胡国玉;;转录组测序及其在野生大豆基因资源发掘中的应用[J];大豆科学;2013年06期
3 吴伟伟;宫平;哈尼克孜;石晓雷;于丽娟;徐新明;田月珍;田可川;;表达谱芯片技术在动物胚胎发育研究中的应用进展[J];草食家畜;2013年06期
4 王伟;徐建民;李光友;韩超;吴世军;陆钊华;;桉树抗枝瘿姬小蜂关联基因的初步筛选研究[J];北方园艺;2013年24期
5 冯超;朱长青;徐昌杰;陈昆松;;RNA-Seq在果树学研究中的应用[J];果树学报;2014年01期
6 甘霖;覃碧;刘实忠;王秀全;范高俊;;巴西橡胶树转录组中SSR位点的信息分析[J];广东农业科学;2014年16期
7 刘洪博;林秀琴;刘新龙;陆鑫;毛钧;徐超华;马丽;郭跃祥;蔡青;;基于表型和核型及分子证据的甘蔗德阳大叶子属种分析[J];西北植物学报;2014年11期
8 贾新平;叶晓青;梁丽建;邓衍明;孙晓波;佘建明;;基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究[J];草业学报;2014年06期
9 张升利;付成东;梁拥军;李文通;孙砚胜;史东杰;张欣;;长尾草金鱼成熟期雌雄性腺RNA-Seq转录组分析[J];水产科学;2014年12期
10 倪海枝;陈方永;王引;任正初;;杨梅分子生物学研究现状[J];中国南方果树;2015年01期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 张美翠;尹姣;曹雅忠;仵均祥;李克斌;;转录组测序及其在昆虫研究中的应用[A];2014年中国植物保护学会学术年会论文集[C];2014年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 张杨;木薯光合生理、结构及相关基因表达特征的初步研究[D];海南大学;2012年
2 刘朋虎;草菇同核、异核菌株间差异基因表达的研究[D];福建农林大学;2012年
3 王伟;桉树对枝瘿姬小蜂抗性及其机制研究[D];中国林业科学研究院;2012年
4 钟云;Candidatus liberibacter asiaticus诱导的柑橘转录组学及蛋白组学研究[D];湖南农业大学;2012年
5 姜义仁;柞蚕微孢子虫检测及感染柞蚕中肠转录组及蛋白质组学研究[D];沈阳农业大学;2012年
6 高亚梅;勃利霉素对卵菌抑制作用机理研究[D];东北农业大学;2013年
7 祁云霞;巴美肉羊发情期血清生殖激素和卵巢microRNAs的鉴定及功能分析[D];内蒙古农业大学;2013年
8 贺建宁;绵羊常年发情的内分泌学研究及卵巢差异表达基因筛选[D];中国农业科学院;2013年
9 孟晓林;镉、铜分别胁迫虾夷扇贝的毒性作用机制研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2013年
10 陈梅丽;转录组学研究人肿瘤细胞的表达调控机制和大熊猫基因组重注释[D];中国科学院北京基因组研究所;2013年
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 岑华飞;不同细胞质源甘蔗亲本与主要性状遗传表现的相关性研究[D];广西大学;2014年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 陈辉,范源洪;甘蔗遗传多样性的分子检测[J];分子植物育种;2003年Z1期
2 劳方业;刘睿;何慧怡;邓海华;陈仲华;陈健文;符成;张垂明;杨业后;;崖城系列甘蔗亲本遗传多样性的AFLP标记分析[J];分子植物育种;2008年03期
3 劳方业;刘睿;何慧怡;邓海华;李奇伟;陈仲华;陈健文;符成;齐永文;张垂明;;甘蔗常用亲本及优良组合双亲间遗传相似性分析[J];分子植物育种;2009年03期
4 姚春雪;王先宏;何丽莲;李富生;;甘蔗与蔗茅杂交不同世代的SSR指纹图谱构建[J];分子植物育种;2011年03期
5 黄振瑞;潘方胤;吴文龙;彭冬永;杨俊贤;;SSR标记在甘蔗遗传育种中的应用[J];甘蔗糖业;2006年06期
6 刘睿;劳方业;何慧怡;陈仲华;邓海华;;粤糖系列甘蔗品种遗传多样性的SSR分析[J];甘蔗糖业;2008年03期
7 邓海华;甘蔗遗传育种有关问题的商榷[J];甘蔗;2002年01期
8 刘新龙;马丽;陈学宽;应雄美;刘家勇;吴才文;;利用系谱图和SSR标记分析云南自育优良甘蔗品种的遗传关系[J];湖南农业大学学报(自然科学版);2010年06期
9 姚伟,余爱丽,徐景升,周会,张木清,陈如凯;甘蔗基因组DNA简单和快速提取方法[J];农业生物技术学报;2005年01期
10 黄文涛;郭向前;戴甲培;陈润生;;MicroRNA,lncRNA与神经退行性疾病[J];生物化学与生物物理进展;2010年08期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 谭裕模;甘蔗高产高糖栽培的关键[J];广西蔗糖;2000年02期
2 ;甘蔗农业文摘[J];甘蔗糖业;2000年02期
3 沈万宽,黄鸿能;甘蔗引种若干问题[J];甘蔗糖业;2000年03期
4 ;甘蔗农业文摘[J];甘蔗糖业;2000年03期
5 刘希蝶,黄金华,吴国华;几个甘蔗品种在海滩地的表现[J];甘蔗糖业;2000年03期
6 符晓云;甘蔗农业文摘[J];甘蔗糖业;2000年06期
7 陈欢星;对宜州市几个甘蔗品种的初步评价[J];广西蔗糖;2002年02期
8 陆国盈,韩世健,杨培忠,裴铁雄,班华松,甘贵军;甘蔗伸长中后期干旱胁迫对产量和工艺品质的影响效应[J];广西蔗糖;2002年04期
9 游建华,陈引芝;赴澳大利亚甘蔗科技考察报告[J];广西蔗糖;2002年04期
10 邓海华,赖宏光,涂育辉;增广设计甘蔗品种试验及其分析[J];甘蔗糖业;2002年05期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 刘庆庭;陈金侃;区颖刚;;田间倒伏甘蔗的空间姿态[A];中国农业工程学会2011年学术年会论文集[C];2011年
2 韦丽娇;李明;;甘蔗横向潜在价值分析[A];纪念中国农业工程学会成立30周年暨中国农业工程学会2009年学术年会(CSAE 2009)论文集[C];2009年
3 陈超君;韦汉文;黄有总;韩世健;陆国盈;余勇;;引进甘蔗品种(系)的抗旱性研究[A];2010中国作物学会学术年会论文摘要集[C];2010年
4 黎焕光;谭裕模;谭芳;王伦旺;;甘蔗纤维分与农艺工艺性状的相关分析[A];2010中国作物学会学术年会论文摘要集[C];2010年
5 张保青;杨丽涛;李杨瑞;;自然条件下甘蔗品种抗寒生理生化特性的比较研[A];2010中国作物学会学术年会论文摘要集[C];2010年
6 杨荣仲;李杨瑞;王维赞;杨丽涛;朱秋珍;梁阗;周会;唐仕云;;不同条件下的甘蔗耐寒评价分析[A];2010中国作物学会学术年会论文摘要集[C];2010年
7 许莉萍;陈如凯;潘大仁;;生物技术与甘蔗[A];中国青年农业科学学术年报[C];2002年
8 王维赞;朱秋珍;邓展云;;国内外引进甘蔗品种资源的聚类分析[A];广西甘蔗研究所论文集[C];2003年
9 张亦诚;岑健枝;;生物工程技术在甘蔗上的应用[A];’2003中国作物学会学术年会文集[C];2003年
10 杨荣仲;谭裕模;谭芳;刘海斌;黎焕光;;甘蔗常用杂交组合的剥叶性能差异[A];中国作物学会甘蔗专业委员会第十一次学术讨论会论文集[C];2004年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 诸葛子房;舒四棠20亩甘蔗可获13万元[N];中国特产报;2003年
2 广东省湛江农垦局局长 陈剑峰;以现代农业理念建设湛江甘蔗示范区[N];农民日报;2006年
3 记者 董明 通讯员 梁丽娟;甘蔗品种提前更新换代[N];柳州日报;2008年
4 肖卫萍 肖卫秋;抓管理重投入增甘蔗单产[N];云南经济日报;2008年
5 记者 郑岚岚;国家级重点甘蔗科研基地遭破坏?[N];湛江日报;2008年
6 通讯员 金戈;红河县今年甘蔗良种面积达5万余亩[N];红河日报;2008年
7 本报驻巴西记者 张新生;甘蔗乙醇:巴西新能源的一颗明珠[N];科技日报;2008年
8 农业部;“双高”甘蔗质量安全推进计划[N];农民日报;2003年
9 记者董明;甘蔗品种换代加快[N];柳州日报;2009年
10 本报驻巴西记者 张新生;傲立潮头育蔗苗[N];科技日报;2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 吴棉国;我国甘蔗及制品质量与技术标准的研究[D];福建农林大学;2011年
2 朱琳;甘蔗中蔗糖代谢途径关键基因和糖转运蛋白的系统发育研究[D];吉林大学;2013年
3 梁潘霞;硅提高甘蔗抗旱性的生理及分子基础研究[D];广西大学;2013年
4 张增学;梳刷式甘蔗剥叶机剥叶机理的试验研究[D];华南农业大学;2002年
5 许莉萍;甘蔗抗感黑穗病池的构建和抗病基因分子标记[D];福建农林大学;2000年
6 阙友雄;甘蔗与黑穗病菌互作的分子应答研究[D];福建农林大学;2008年
7 张保青;低温胁迫下甘蔗后期生理特性及差异蛋白质组学研究[D];广西大学;2013年
8 王自章;农杆菌介导海藻糖合酶基因遗传转化甘蔗研究[D];福建农林大学;2001年
9 邢永秀;甘蔗内生固氮细菌的分离、鉴定和生长特性[D];广西大学;2006年
10 叶燕萍;乙烯利促进甘蔗有效分蘖的生理生化机理研究[D];广西大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 张跃彬;云南甘蔗农业栽培专家系统研制[D];中国农业大学;2005年
2 檀小辉;54个广西区试甘蔗品种的抗旱性评价及甘蔗抗旱基因的分离[D];广西大学;2011年
3 梁强;两种化学物质对干旱胁迫下甘蔗苗期生长的影响[D];广西大学;2008年
4 那海燕;利用基因芯片筛选甘蔗育性相关基因[D];福建农林大学;2009年
5 连玲;甘蔗尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶基因的克隆及其表达[D];福建师范大学;2009年
6 邹成林;壳寡糖对甘蔗干旱胁迫下生理生化及蛋白质差异表达的影响[D];广西民族大学;2010年
7 洪德星;不同套种作物对甘蔗生长和土壤理化性质的影响[D];福建农林大学;2011年
8 苗灵凤;病原诱导启动子驱动几丁质酶基因遗传转化甘蔗的研究[D];华南热带农业大学;2005年
9 苏俊波;甘蔗内生固氮菌的分离与鉴定[D];广西大学;2006年
10 张新成;甘蔗蔗茎增粗的细胞学基础研究[D];广西大学;2007年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026