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《安徽农业大学学报》 2001年04期
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分支系统学软件PHYLIP系统及其使用

肖中新  潘孝铭  
【摘要】:PHYLIP是一个系统发育推断软件。PHYLIP软件由 30个程序组成 ,针对不同的数据 ,采用不同的程序。本文对 PHYLIP软件的输入与输出文件的格式、输入文件的选项、应答选项、建树的策略都作了详细论述。为便于理解 ,文中给出了丰富的例子阐述 PHYLIP软件中的各种概念和使用方法
【作者单位】安徽省环境监测中心站 安徽省环境监测中心站
【分类号】:TP319

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【引证文献】
中国期刊全文数据库 前5条
1 梁琛,张建海;几个群体遗传学分析软件的使用[J];农业网络信息;2005年07期
2 袁小爱;田东;谷晓明;;基于核基因RAG1部分序列探讨菊头蝠科和蹄蝠科的系统发育关系[J];四川动物;2012年02期
3 袁小爱;田东;谷晓明;;基于核基因RAG2部分序列探索菊头蝠总科、蝙蝠科和鞘尾蝠科物种的系统发育关系[J];生命科学研究;2012年03期
4 蒋鹏;史建全;张研;祁洪芳;孙效文;;应用微卫星多态分析青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalski(Kessler))六个野生群体的遗传多样性[J];生态学报;2009年02期
5 王海山;侯林;陈文博;;五种群体遗传学软件的比较[J];安徽农学通报(下半月刊);2009年08期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 裴黎;毒品原植物大麻DNA检测技术的研究[D];河北医科大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前3条
1 李云霞;基于ITS和trnL-F序列对青藏高原棘豆属植物的分子系统学研究[D];西北农林科技大学;2011年
2 黄菲;叶甲科昆虫线粒体细胞色素b基因片段分子系统学研究[D];陕西师范大学;2004年
3 崔岱宗;栓菌及其近缘属的分子系统学研究[D];东北林业大学;2009年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张小平,周忠泽,李庆德;关于KEXUE分支分类方法(Cladistics)的若干讨论[J];安徽师范大学学报(自然科学版);1999年03期
2 丁长青,郑光美;黄腹角雉的巢址选择[J];动物学报;1997年01期
3 黄大卫;生物系统学面临的难题[J];动物学报;2001年05期
4 柏斌斌;骆菁菁;李虹;俞红强;游捷;;睡莲品种数量分类的初步研究[J];北方园艺;2011年22期
5 王忠明,陈德牛,吴小平;腹足类贝壳特征的测量及分析方法[J];动物学杂志;2003年04期
6 石勤,王成章;分支分类学算法研究及其在生物分类中的应用[J];北京工业大学学报;2001年03期
7 张俊卫;包满珠;;利用RAPD分析梅栽培品种间的遗传变异[J];北京林业大学学报;2007年S1期
8 雒新艳;戴思兰;;大菊品种表型性状的分类学价值[J];北京林业大学学报;2010年03期
9 李奎;王雁;郑宝强;朱向涛;吴红芝;史倩倩;;40个野生滇牡丹群体的花粉形态研究[J];北京林业大学学报;2011年01期
10 黄家平,戴思兰;中国兰花品种数量分类初探[J];北京林业大学学报;1998年02期
中国重要会议论文全文数据库 前2条
1 房海灵;李维林;于盱;梁呈元;;薄荷属植物的数量分类[A];中国植物学会植物结构与生殖生物学专业委员会、江苏省植物学会2007年学术年会学术报告及研究论文集[C];2007年
2 潘孝铭;;NUTAS系统——一个植物数量分类研究的自动生成系统[A];生物多样性与人类未来——第二届全国生物多样性保护与持续利用研讨会论文集[C];1996年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 王勇;细基格孢属、匍柄霉属及其近似属的形态学与分子系统学研究[D];山东农业大学;2010年
2 包新康;我国高山鹑类分子系统发生研究[D];兰州大学;2010年
3 耿月华;中国土壤暗色丝孢菌五个疑难属的形态学和分子系统学分析[D];山东农业大学;2011年
4 雷家彬;中国高等学校分类方法的反思与建构[D];华中科技大学;2011年
5 张新民;世界横脊叶蝉亚科系统分类研究(半翅目:叶蝉科)[D];西北农林科技大学;2011年
6 孔德政;荷花的民族植物学及河南地区品种资源研究[D];河南农业大学;2011年
7 张健;吉林省天牛科昆虫分类学研究[D];东北师范大学;2011年
8 魏久锋;中国圆盾蚧亚科分类研究(半翅目:盾蚧科)[D];西北农林科技大学;2011年
9 魏朝明;中国螽(虫斯)总科昆虫的RAPD分析研究[D];陕西师范大学;2000年
10 蒋国芳;蚱总科昆虫线粒体细胞色素b基因序列及系统进化研究[D];陕西师范大学;2000年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 陈秀萍;普通枇杷[Eriobotrya japonica (Thunb.)Lindl.]植物若干性状鉴定与分类研究[D];中国农业科学院;2010年
2 王芳;河南省马铁菊头蝠(Rhinolophus ferrumequinum)的研究[D];河南师范大学;2010年
3 赵赴;湖北神农架叶蜂亚科区系地理初步研究[D];中南林业科技大学;2010年
4 于晓亮;木瓜属果实的数量分类及指纹图谱研究[D];山东农业大学;2011年
5 周佳怡;中国沿海石斑鱼亚科的DNA条形码研究[D];暨南大学;2011年
6 刘森勋;格氏栲自然保护区米槠种群数量特征研究[D];福建农林大学;2007年
7 姜艳;海南胡椒属植物遗传多样性分析[D];海南大学;2011年
8 罗仕凤;川黔地区百合属植物资源表型多样性及孢粉学研究[D];四川农业大学;2011年
9 毛璐茜;舟山眼镜蛇的系统地理和种群遗传结构[D];南京师范大学;2011年
10 刘涛;中国淡水涡虫分类及核型研究(Ⅺ)[D];河南师范大学;2011年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 缪炜,余育和,沈韫芬;纤毛虫分子系统发育学的研究进展[J];动物学杂志;2002年01期
2 谷晓明,涂云彦,蒋大池,杨华矶,汪莹;贵州五种菊头蝠的核型分析[J];动物学杂志;2003年01期
3 吴毅,杨奇森,夏霖,彭洪元,周昭敏;中国蝙蝠新记录——马氏菊头蝠[J];动物学杂志;2004年05期
4 张劲硕,张俊鹏,梁冰,张树义;世界翼手目动物分类系统和种类最新报道[J];动物学杂志;2005年02期
5 谷晓明;;贵州6种蝙蝠的核型[J];动物学杂志;2006年05期
6 李娜;敖磊;何淑艳;谷晓明;;蝙蝠科三种蝙蝠的G-带和C-带[J];动物学杂志;2007年02期
7 张劲硕;李钢;刘洋;张俊鹏;韩乃坚;赵华斌;张树义;;菲菊头蝠在中国北方的新纪录[J];动物学杂志;2007年06期
8 卫尊征;郭丽琴;张金凤;李百炼;张德强;郭华;;利用trnL—F序列分析杨属树种的系统发育关系[J];北京林业大学学报;2010年02期
9 张原,张正旺,郑楠;Gallopheasants中协同进化性状的似然比检验[J];北京师范大学学报(自然科学版);2003年06期
10 席琳乔,马丽萍;草地毒草棘豆的研究现状及进展[J];草原与草坪;2003年03期
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 何承忠;毛白杨遗传多样性及起源研究[D];北京林业大学;2005年
2 殷继艳;新疆额尔齐斯河流域杨属系统发育和种间关系研究[D];中国林业科学研究院;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前4条
1 吕慎金;我国七个绵羊群体微卫星DNA的遗传多样性研究[D];西北农林科技大学;2003年
2 樊晓霞;银杏(Ginkgo biloba)叶绿体DNA系统地理学研究[D];华东师范大学;2005年
3 刘晶晶;蓝藻念珠藻属及其近缘属的分子系统学研究[D];上海师范大学;2008年
4 高木木;新疆棘豆属植物研究[D];石河子大学;2008年
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 高鹏飞;赵慧婷;张春香;姜玉锁;;基于线粒体Cyt b基因部分序列的中国东方蜜蜂不同地理种群的系统发育[J];动物学报;2008年06期
2 海萨;杜劲松;孟玮;杨天燕;;微卫星标记分析白斑狗鱼遗传多样性[J];动物学杂志;2010年06期
3 梅秋兰;刘臻;曾国清;张学文;鲁双庆;;微卫星标记及其在鱼类原种检测中的应用[J];水产科学;2010年09期
4 聂传朋;李焰焰;崔亚东;郑哲民;;叶甲科三亚科十三种叶甲酯酶同工酶的研究(鞘翅目,叶甲总科)[J];动物分类学报;2007年01期
5 杨汉运;黄道明;池仕运;张晓敏;谢山;张庆;王文君;方艳红;;羊卓雍错高原裸鲤(Gymnocypris waddellii Regan)繁殖生物学研究[J];湖泊科学;2011年02期
6 张新辉;夏新民;罗伟;高泽霞;钱雪桥;王卫民;;团头鲂雌核发育后代的微卫星标记分析[J];华中农业大学学报;2012年06期
7 崔蕾;谢从新;李艳和;于永耀;刘肖莲;张杰;周小云;;斑点叉尾鮰4个群体遗传多样性的微卫星分析[J];华中农业大学学报;2012年06期
8 张多勇;李云;;从考古发现看马家窑人的生产活动[J];农业考古;2012年06期
9 李朝阳;姜业芳;田向荣;陈军;陈良碧;李菁;;分子标记在鉴别拟船叶藓属和猫尾藓属中的应用[J];生命科学研究;2006年03期
10 陈燕妮;孙振兴;常林瑞;;长竹蛏不同地理居群的遗传多样性[J];水生生物学报;2010年02期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 苗翠英;;毒品检测新技术[A];公共安全中的化学问题研究进展(第二卷)[C];2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 于一;条斑紫菜和坛紫菜SSR标记的开发及其在遗传多样性分析中的应用[D];中国海洋大学;2010年
2 李文升;相关鲤科鱼类微卫星的分离及体重、眼径、眼间距的QTL定位[D];上海海洋大学;2011年
3 金菊;澜沧江老挝纹胸鮡遗传结构分析[D];华中农业大学;2011年
4 李朝阳;尖叶拟船叶藓遗传多样性的初步研究[D];湖南师范大学;2006年
5 王红梅;内蒙古青藓科(Brachytheciaceae)植物区系及系统分类学研究[D];内蒙古大学;2010年
6 梅秋兰;鳜原种群体和养殖群体遗传多样性的TRAP及SSR标记分析[D];湖南农业大学;2010年
7 张娟;长江两种土著鱼类同工酶组织特异性研究及中华倒刺鲃基因组微卫星的筛选[D];华中师范大学;2012年
8 王文菲;法医学常用15个STRs的检测及其应用于人群遗传关系推断的研究[D];郑州大学;2012年
9 龙启福;青海湖可培养嗜盐菌种群分子进化差异分析[D];青海大学;2012年
10 魏玲;条斑紫菜和坛紫菜SSR遗传多样性分析[D];中国海洋大学;2012年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 厉葆初;关于生物学学名问题[J];编辑学报;1991年01期
2 虞欣;;一种引入隐藏节点的贝叶斯网络方法[J];测绘科技情报;2008年02期
3 董耿;;生物命名法规及学名的正斜体印刷规范[J];中国科技期刊研究;1995年01期
4 纪云秀;;如何使用《动物学记录》[J];大学图书馆学报;1984年04期
5 敬国东;;鸟类分类系统的设计与开发[J];中国家禽;2007年01期
6 何敏;;科技档案分类方法[J];北京档案;1993年02期
7 张敬泽;程家安;陈学新;;检疫有害生物治理软件的开发与应用[J];植物保护学报;2001年01期
8 张鹏;齐艳红;张治国;;样带多样性的检验算法及其系统实现[J];计算机应用研究;2006年10期
9 ;《动物学报》稿约[J];动物学报;1995年02期
10 付伟;黄土地区土壤侵蚀强度模型分析[J];遥感学报;1995年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 薛进庄;郝守刚;;泥盆纪枝蕨纲(Cladoxylopsida)的分支系统学研究[A];中国古生物学会第24届学术年会论文摘要集[C];2007年
2 欧强;韩健;张志飞;王曼艳;舒德干;;古虫动物门分支系统学研究[A];中国古生物学会第26届学术年会论文集[C];2011年
3 曹家树;;结球白菜起源的分支分析和微观形态鉴定[A];中国园艺学会首届青年学术讨论会论文集[C];1994年
4 袁文伟;;Pseudopetigurus的高级分类单元位置[A];中国古生物学会第九届全国会员代表大会暨中国古生物学会第二十三次学术年会论文摘要集[C];2005年
5 李红梅;韩红香;张润志;薛大勇;;中国大陆外来入侵昆虫名录[A];昆虫学研究进展[C];2005年
6 马俊业;杨群;;海绵动物系统学研究进展[A];中国古生物学会第九届全国会员代表大会暨中国古生物学会第二十三次学术年会论文摘要集[C];2005年
7 胡慧建;冯永军;蒋志刚;王祖望;;物种与高级分类单元的数量关系——以鸟类为例[A];第八届中国动物学会鸟类学分会全国代表大会暨第六届海峡两岸鸟类学研讨会论文集[C];2005年
8 曹娜;赵建成;汪琛颖;;中国北方真藓科植物分类学研究[A];中国植物学会七十五周年年会论文摘要汇编(1933-2008)[C];2008年
9 孙红英;张德华;杨思量;金玉宏;吕秀玲;周开亚;;用线粒体多基因片段的序列变异探讨亚洲厚蟹属(Helice)系统发生[A];江苏省遗传学会第七届代表大会暨学术研讨会论文摘要汇编[C];2006年
10 姚华舟;沙金庚;张仁杰;;关于晚三叠世伟齿蛤类Neomegalodon Gümbel,1862[A];中国古生物学会第九届全国会员代表大会暨中国古生物学会第二十三次学术年会论文摘要集[C];2005年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 本报记者 昆宝军;你知道濒危物种吗[N];大众科技报;2002年
2 崔光红 黄璐琦;药用植物濒危及保护等级划分中的3大误区[N];中国中医药报;2003年
3 万旭生;TNC与生物多样性保护[N];云南日报;2005年
4 编译 王惠民;甘肃鸟揭开现代鸟类起源之谜[N];北京科技报;2006年
5 记者 林英 通讯员 曹菲;我国发现世界上最古老今鸟类化石[N];光明日报;2006年
6 本报记者 尹春芙;“菌物世界”的拓荒者[N];吉林日报;2005年
7 ;抢救小麦野生近缘植物[N];农民日报;2000年
8 本报记者 郑千里;我国昆虫系统学研究重视能力建设[N];科技日报;2002年
9 本报记者 刘垠;DNA条码助物种鉴定化繁为简[N];大众科技报;2009年
10 亨利·吉;《自然》论文选集中的中国古生物学[N];中国图书商报;2009年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 杨冬之;茄科天仙子族:结构、分化和系统关系[D];中国科学院研究生院(植物研究所);2002年
2 郑玉红;中国薯蓣属(Dioscorea L.)周生翅组(Sect.Enantiophyllum)的系统学研究[D];南京农业大学;2006年
3 王延峰;网翅蝗科(直翅目:蝗总科)部分种类的分子系统学研究[D];陕西师范大学;2006年
4 张新民;世界横脊叶蝉亚科系统分类研究(半翅目:叶蝉科)[D];西北农林科技大学;2011年
5 张小斌;基于数字化的生物分类鉴定及知识集成研究[D];浙江大学;2007年
6 王勇;鹫峰国家森林公园土壤系统分类研究[D];北京林业大学;2010年
7 陶刚;中国贵州兰科植物白及内生真菌多样性及生态分布研究[D];华中农业大学;2009年
8 王备新;大型底栖无脊椎动物水质生物评价研究[D];南京农业大学;2003年
9 王密恰;抗病基因在野生马铃薯种中的多态性和进化[D];中国农业科学院;2007年
10 雷忻;鹟亚科与莺亚科部分鸟类分子系统发育研究[D];陕西师范大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 王晓蕊;河北省丛藓科植物分类学研究[D];河北师范大学;2005年
2 毕海燕;南五味子属植物分类学研究[D];河北师范大学;2003年
3 孙金月;网柄菌科重要分类单元生活循环的研究[D];吉林农业大学;2011年
4 龚世杰;鄱阳湖北湖细菌多样性研究[D];南昌大学;2009年
5 张跃平;江苏大型底栖无脊椎动物耐污值、BI指数及水质生物评价研究[D];南京农业大学;2006年
6 王波;基于COI基因的蜻科种类分子系统学研究(蜻蜓目:差翅亚目)[D];陕西师范大学;2007年
7 于季芝;基于距离的进化树构建算法研究[D];哈尔滨工业大学;2007年
8 粟浩然;基于改进的QUARTET方法的系统发生分析研究与实现[D];东北师范大学;2007年
9 李培;缘蝽科昆虫线粒体COI基因的分子系统学研究(半翅目:异翅亚目)[D];陕西师范大学;2007年
10 周霖;台湾海峡鱼类绦虫物种多样性调查及分子系统学初步研究[D];厦门大学;2007年
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