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《山东农业科学》 2009年06期
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山羊EST资源的SSR分析

赵传志  李爱芹  李长生  刘波  夏晗  王兴军  贾文斌  
【摘要】:为充分利用现有数据库中的EST资源开发山羊的分子标记,以期为研究山羊的遗传多样性和利用分子标记辅助选育山羊品种奠定基础,对NCBI dbEST数据库中13 497个EST进行聚类分析,获得1 999个Contig和5 182个singlets,利用软件MISA对此7 181个uni-EST进行SSR分析,共发现483个EST-SSR,出现频率为6.73%,平均每10 kb就出现一个SSR,这些SSR的长度介于12~174 bp之间,平均长度为20.46bp,其中二核苷酸和三核苷酸SSR是主要的重复类型,占所有EST-SSR的81.99%。山羊EST-SSR一共有59种重复基元,其中出现最多的是AC/GT,占所有EST-SSR的21.5%。表明山羊EST-SSR出现频率高、种类丰富,而且58%的含有SSR的EST编码已知功能的蛋白,具有较高的应用价值。

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【引证文献】
中国期刊全文数据库 前1条
1 黄心尧;卢茵;;EST及EST-SSR分子标记应用[J];畜禽业;2010年08期
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前7条
1 闫秋良;张英汉;李宏滨;魏彩虹;杜立新;;从绵羊UniGene数据库中筛选微卫星标记的初步研究[J];西北农林科技大学学报(自然科学版);2007年11期
2 江东;钟广炎;洪棋斌;;柑橘EST-SSR分子标记分析(英文)[J];遗传学报;2006年04期
3 ;Identification of microsatellites in cattle unigenes[J];遗传学报;2008年05期
4 王静毅;陈业渊;刘伟良;武耀廷;;香蕉EST-SSRs标记的开发与应用[J];遗传;2008年07期
5 张玉梅;黄英;史宪伟;刘朝安;;微卫星标记在山羊遗传多样性研究中的应用[J];云南农业大学学报;2006年02期
6 李小白;张明龙;崔海瑞;;油菜EST资源的SSR信息分析[J];中国油料作物学报;2007年01期
7 彭丁文;郑柳城;朱宏波;;木薯EST资源的SSR信息分析[J];中国农学通报;2008年02期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张延明;曲敏;闫玉清;徐香玲;李集临;;EST-SSRs在小麦研究中的应用[J];安徽农学通报;2006年13期
2 郭大龙;;植物微卫星引物开发方法[J];安徽农业科学;2007年18期
3 李建明;李洪杰;柴守诚;李秀全;李立会;;普通小麦Genomic-SSR和EST-SSR分子标记遗传差异[J];安徽农业科学;2007年26期
4 贾小平;王天宇;黎裕;宋燕春;石云素;;微卫星开发技术研究进展[J];安徽农业科学;2009年24期
5 郑学项;冯素萍;李维国;;DNA分子标记研究进展[J];安徽农业科学;2009年26期
6 张俊娥;邓华锋;;草莓EST中SSR位点分析[J];安徽农业科学;2010年23期
7 闻盼盼;郭泽锋;许林兵;黄秉智;董方园;赵景阳;陈谷;;线粒体基因高变区应用于香蕉种属亲缘关系的鉴定研究[J];安徽农业科学;2010年35期
8 王静毅;冀小蕊;武耀廷;;香蕉品种(系)遗传多样性的SSR分析[J];安徽农业科学;2011年10期
9 彭靖茹;甘志勇;黎萍;黄强;杨金春;石兰蓉;付海天;;木薯种质资源遗传多态性ISSR分子标记的研究[J];安徽农业科学;2012年07期
10 周宇爝;;分子标记发展简史[J];现代农业科技;2009年11期
中国重要会议论文全文数据库 前8条
1 谢潮添;陈昌生;纪德华;徐燕;;坛紫菜EST-SSR分子标记的开发及应用(英文)[A];经济发展方式转变与自主创新——第十二届中国科学技术协会年会(第三卷)[C];2010年
2 潘磊;郑鹏;徐杰;全志武;李双梅;刘宏高;柯卫东;丁毅;;磁珠富集法制备莲藕基因组的微卫星分子标记[A];第二届全国水生蔬菜学术及产业化研讨会论文集[C];2007年
3 姚利华;蔡丹英;郑小艳;滕元文;;从苹果属EST数据库中开发EST-SSR标记[A];2008园艺学进展(第八辑)——中国园艺学会第八届青年学术讨论会暨现代园艺论坛论文集[C];2008年
4 宋经元;吴春颖;陈士林;;EST技术及其在药用植物功能基因挖掘中的应用研究[A];第九届全国中药和天然药物学术研讨会大会报告及论文集[C];2007年
5 乔婷婷;马春雷;周炎花;姚明哲;陈亮;;浙江省茶树地方品种与选育品种遗传多样性和遗传结构的EST-SSR分析[A];中国茶叶科技创新与产业发展学术研讨会论文集[C];2009年
6 忻雅;王伟科;阮松林;王世恒;马华升;;基于RAPD和EST-SSR标记的秀珍菇菌株聚类分析[A];第二届全国食用菌中青年专家学术交流会论文集[C];2008年
7 忻雅;王伟科;阮松林;王世恒;马华升;;基于RAPD和EST-SSR标记的秀珍菇菌株聚类分析[A];中国菌物学会第四届会员代表大会暨全国第七届菌物学学术讨论会论文集[C];2008年
8 周晓丽;刘春生;王学勇;黄璐琦;;药用植物EST-SSR的研究进展[A];中华中医药学会第十届中药鉴定学术会议暨WHO中药材鉴定方法和技术研讨会论文集[C];2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 于红;牡蛎良种选育的遗传学基础研究[D];中国海洋大学;2010年
2 于海洋;牙鲆微卫星标记的筛选和美洲牡蛎抗病相关基因SNP的初步分析[D];中国海洋大学;2010年
3 张立楠;鲢遗传连锁图谱的构建及精子竞争对性别间重组率差异的影响[D];中国海洋大学;2010年
4 苗贵东;半滑舌鳎微卫星标记开发、应用及遗传连锁图谱的构建[D];中国海洋大学;2010年
5 叶华;大黄鱼SSR遗传连锁图谱的构建及生长相关性状的QTL定位[D];湖南农业大学;2010年
6 刘福利;海带群体遗传分析及叶片长、宽性状QTL研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2011年
7 刘怀华;玉米异交不亲和基因Ga1-S的遗传定位及其过程的转录组和蛋白质组分析[D];山东农业大学;2011年
8 崔法;高密度小麦遗传连锁图谱构建及产量相关性状QTL定位[D];山东农业大学;2011年
9 张轲;利用三亲本复合杂交群体构建陆地棉遗传连锁图谱与纤维品质QTL定位[D];西南大学;2011年
10 刘冬云;野生山丹种质资源遗传多样性及利用研究[D];北京林业大学;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 李霞;人工合成甘蓝型黄籽油菜粒色基因的精细定位[D];华中农业大学;2009年
2 韩芳;甘蓝型油菜A3染色体遗传连锁图谱的构建[D];华中农业大学;2010年
3 鲁绪才;45份辣椒品种(系)的遗传多样性分析[D];华中农业大学;2010年
4 杜连莹;实践八号搭载8个苜蓿品种生物学效应研究[D];哈尔滨师范大学;2010年
5 罗素娟;家蚕细胞周期依赖性蛋白激酶家族(CDK)的研究[D];浙江理工大学;2010年
6 王庆专;小麦骨干亲本碧蚂4号及其姊妹系遗传差异分析[D];山东农业大学;2010年
7 杜斌;小麦芒长抑制基因B1近等基因系的鉴定及遗传分析[D];山东农业大学;2010年
8 袁园园;小麦骨干亲本碧蚂4号的性状与遗传特点分析[D];山东农业大学;2010年
9 潘海涛;小麦EST-SSR标记的开发和苗期养分吸收QTL定位[D];山东农业大学;2009年
10 汪俊君;小麦大粒突变体的遗传分析和相关基因片段的克隆[D];山东农业大学;2009年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前6条
1 翁润;赖丽萍;王寿昆;;微卫星标记分析福建地方品种猪的遗传多样性[J];福建农林大学学报(自然科学版);2007年05期
2 徐美佳;张研;鲁翠云;张晓峰;刘继红;孙效文;;利用EST-SSR座位对鲤鱼几种生长性状的单标记回归分析[J];湖南农业大学学报(自然科学版);2009年02期
3 赫崇波;陈姝君;高祥刚;刘卫东;周遵春;王志松;王军;宋文涛;;EST-SSR标记对我国斑点叉尾鮰种质资源的研究[J];农业生物技术学报;2008年05期
4 高焕;于飞;栾生;孟宪红;蔡生力;孔杰;;中国明对虾基因组微卫星重复单元类型与其多态性关系[J];水生生物学报;2009年01期
5 王建民;张伟;陈通;汪明;;鸡柔嫩艾美耳球虫cDNA文库构建与表达序列标签分析[J];生物医学工程学杂志;2007年06期
6 吕慎金;杨燕;候冠玉;马月辉;耿社民;李宏滨;浦亚斌;;运用微卫星标记对中国地方绵羊品种的遗传多样性分析[J];畜牧兽医学报;2008年07期
【二级引证文献】
中国硕士学位论文全文数据库 前2条
1 倪会娟;陆地棉重组近交系群体SSR标记遗传图谱构建与产量性状QTL定位[D];西南大学;2011年
2 马君;动物蜱形态学鉴定核糖体及线粒体DNA多态性研究[D];湖南农业大学;2011年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张英杰,赵有璋,刘月琴,李玉,孙少华;微卫星DNA标记在三个山羊品种中的遗传多态性研究[J];中国草食动物;2003年04期
2 金基强;崔海瑞;陈文岳;卢美贞;姚艳玲;忻雅;龚晓春;;茶树EST-SSR的信息分析与标记建立[J];茶叶科学;2006年01期
3 张宁波,王建民,尚友国,宋美玲,井文倩;利用微卫星标记对波尔山羊遗传多样性的研究[J];山东畜牧兽医;2004年04期
4 贾永红,史宪伟,简承松,朱文适,张亚平,何正权,廖正录,余应淮,李通权;贵州四个山羊品种mtDNA多态性及起源分化[J];动物学研究;1999年02期
5 马占强,林良斌;分子标记技术在油菜育种中的应用[J];分子植物育种;2004年05期
6 张军,武耀廷,郭旺珍,张天真;棉花微卫星标记的PAGE/银染快速检测[J];棉花学报;2000年05期
7 李华盛,范术丽,沈法富;从棉花ESTs数据库中筛选微卫星标记的初步研究[J];棉花学报;2005年04期
8 葛佳,谢华,崔崇士,洪剑明,马荣才;大白菜表达序列标签SSR标记分析[J];农业生物技术学报;2005年04期
9 宁淑萍;许林兵;魏平;葛学军;;中国主栽香蕉品种和INIBAP引进品种的SSR分析研究[J];热带亚热带植物学报;2007年01期
10 范三红,郭蔼光,单丽伟,胡小平;拟南芥基因密码子偏爱性分析[J];生物化学与生物物理进展;2003年02期
中国硕士学位论文全文数据库 前2条
1 徐鹏;中国对虾微卫星标记的筛选[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2002年
2 吕点点;凉山半细毛羊遗传多样性的微卫星DNA分析[D];四川农业大学;2003年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张琼;刘小林;李喜莲;薛姝雯;辛静静;黄皓;相建海;;EST-SSR分子标记在水生动物遗传研究中的应用[J];水产科学;2010年05期
2 王学勇;周晓丽;高伟;崔光红;黄璐琦;刘春生;;丹参新的EST-SSR分布规律及分子标记的建立[J];中国中药杂志;2011年03期
3 曾柏全;邓子牛;熊兴耀;杨迎花;;湖南宽皮柑橘EST-SSR反应体系研究[J];中国农学通报;2009年21期
4 赵岩;王涛;孔凡美;李斯深;;翦股颖EST-SSR信息分析与分子标记开发[J];中国草地学报;2010年04期
5 王杰,徐金瑞,白文林,杨易,王永,欧阳熙,费立松,覃志红,王同军,佘陆军,欧其拉一,马玉才;四川几个山羊品种(群体)与岩羊RAPD分析[J];畜牧兽医学报;2003年05期
6 王杰,徐金瑞,白文林,杨易,王永,欧阳熙,费立松,覃志红,佘陆军,王同军,欧其拉一,马玉才;四川9个山羊品种(群体)与岩羊RAPD分析[J];中国草食动物;2003年S1期
7 段乃彬;王建成;于天祥;孔素萍;李群;张文兰;戴双;;高羊茅EST-SSR标记的开发及品种鉴定[J];山东农业科学;2010年10期
8 于林清;刘荣霞;苏东;云锦凤;;利用SSR和EST-SSR技术研究不同秋眠级苜蓿遗传多样性[J];中国草地学报;2009年06期
9 李晶晶;王述彬;刘金兵;潘宝贵;陈劲枫;;辣椒EST-SSR标记的开发[J];分子植物育种;2008年06期
10 李杰勤;王丽华;詹秋文;陈亚;;高粱EST-SSR标记的建立及其在苏丹草中的应用初探[J];草业科学;2010年03期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 陈宏;蓝贤勇;雷初朝;王昕;胡沈荣;;山羊重要经济性状的分子标记研究[A];全国养羊生产与学术研讨会议论文集(2007-2008)[C];2008年
2 钱丽丽;贾青;李雪梅;;山羊高繁殖力候选基因骨形态发生蛋白受体IB的多态性分析[A];中国畜牧兽医学会养羊学分会全国养羊生产与学术研讨会议论文集[C];2010年
3 沈祖楠;李祥龙;周荣艳;李兰会;;山羊CLPG基因细胞遗传学定位及其变异分析[A];第十二次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2010年
4 马章全;陈小强;;对我国毛皮用绵、山羊产业发展的思考[A];2010中国羊业进展[C];2010年
5 李月勤;侯玉晶;雷治海;苏娟;李珣;蔻芮;刘延鹏;;山羊Neuromedin S及其受体基因的克隆和mRNA在组织器官的表达[A];中国畜牧兽医学会动物解剖学及组织胚胎学分会第十六次学术研讨会论文集[C];2010年
6 袁天杰;张诺;李树静;;孕酮在山羊超排中的作用分析[A];中国畜牧兽医学会动物繁殖学分会第十五届学术研讨会论文集(上册)[C];2010年
7 潘淑芳;韦英益;;山羊传染性脓疱病的防治[A];中国畜牧兽医学会兽医病理学分会第十五次、中国病理生理学会动物病生专业委员会第十四次学术讨论会论文集[C];2007年
8 柏冬星;于瑞奎;刘艳玲;张瑞姿;孙镇平;任颖;姚娟英;张阳军;杨盛荣;;大蒜氧化物对山羊内源性激素水平的影响[A];全国动物生理生化第十一次学术交流会论文摘要汇编[C];2010年
9 秦智伟;王丽莉;李莹;张艳菊;周秀艳;武涛;;黄瓜细菌性角斑病抗性遗传规律与分子标记研究[A];全国植物分子育种研讨会摘要集[C];2009年
10 耿拓宇;陈宽维;张学余;赵冬伟;周怀军;李慧芳;陈国宏;吴信生;;乌鸡黑色性状分子标记的探索[A];第四届中国畜牧兽医青年科技工作者学术研讨会论文集[C];2001年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 李萍;不要忽视发票的凭证作用[N];大庆日报;2010年
2 白云;从熟羊肉价格看养殖山羊的商机[N];中国畜牧兽医报;2009年
3 程优优;怎样减少山羊难产发生率[N];山西科技报;2009年
4 李济生 刘太兴;云阳:“借羊还羊”借出山羊满山坡[N];中国畜牧兽医报;2009年
5 杜玉兰;初夏山羊增奶五措施[N];山东科技报;2009年
6 记者 崔璀 通讯员 张钦炜;盼了多年的脱贫梦终于实现了[N];丽水日报;2009年
7 翟广华;秋冬时节 山羊管护技巧[N];山西科技报;2009年
8 周密;山羊可能感染了肺炎链球菌病[N];江苏农业科技报;2010年
9 郭姿麟;测定山羊体重和体尺的方法[N];中国畜牧兽医报;2009年
10 高贵涛;冬季饲喂山羊面面观[N];瓜果蔬菜报.农业信息周刊;2009年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 高丽锋;表达序列标签(ESTs)中开发的SSRs和SNPs标记及其应用[D];中国农业科学院;2003年
2 JIXIANG WU;[D];浙江大学;2001年
3 陆光远;甘蓝型油菜显性细胞核雄性不育基因和抑制基因的分子标记及其应用[D];华中农业大学;2004年
4 邢亚娟;中国山杨与美洲山杨杂交种新品系选育研究[D];东北林业大学;2005年
5 王忠卫;遗传标记在鱼类育种和生态研究中的应用[D];中国科学院研究生院(水生生物研究所);2005年
6 孙晓丽;小麦抗白粉病基因的分子标记及白粉菌引发的细胞程序性死亡的相关研究[D];中国农业科学院;2006年
7 杨龙;利用cDNA/EST序列大规模开发内含子多态性标记的研究[D];浙江大学;2008年
8 朱速松;栽培水稻杂种不育新基因的定位[D];南京农业大学;2005年
9 刘云国;三种重要海水养殖鱼类的分子遗传学研究[D];中国海洋大学;2005年
10 孟昭东;玉米结实习性遗传规律及其在育种中的应用[D];山东农业大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 武秀明;陆地棉体细胞胚分化过程中特异表达基因的研究[D];中国农业科学院;2008年
2 李泽昀;蚕豆EST-SSR分子标记的建立及其应用[D];辽宁师范大学;2011年
3 张宇;与辣(甜)椒抗根结线虫Me1基因紧密连锁的EST-SSR分子标记的开发[D];四川农业大学;2010年
4 李明卫;大型真菌黑松露EST-SSR信息分析[D];浙江农林大学;2012年
5 周晓丽;不同产地丹参质量的EST-SSR分子标记与功能基因表达研究[D];北京中医药大学;2011年
6 李娜;自体喙突移植重建下颌髁状突的实验研究[D];四川大学;2005年
7 孙苏军;7,12-二甲基苯蒽(DMBA)体外诱导山羊乳腺上皮细胞的转化[D];西北农林科技大学;2005年
8 芦赟;山羊弓形虫代谢分泌抗原免疫应答研究[D];甘肃农业大学;2009年
9 刘谢荣;山羊胚胎分割试验研究[D];四川农业大学;2005年
10 康峰;催乳素受体基因单核苷酸多态性与山羊繁殖性能的相关研究[D];河北农业大学;2006年
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